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1、畜禽糞便類：牛、羊、豬、雞等畜禽的糞便，能將其中的有機物質分解轉化，去除臭味，殺死病菌和蟲卵，生產出無害化的有機肥料。
2、農業廢棄物類
2.1農作物秸稈：如玉米秸、麥桿、稻桿等，可分解秸稈中的纖維素等復雜有機物，使其轉化為可被植物吸收的營養物質，用于堆肥還田，提高土壤肥力。
2.2油枯下腳料：如菜籽餅、棉籽餅等油枯，發酵后能將其中的蛋白質、油脂等成分分解轉化，成為有機肥料。
3、工業廢渣類
3.1釀造廢渣：如啤酒廠的酒糟、白酒廠的酒渣等，含有豐富的有機物質，通過發酵可以將其轉化為有價值的肥料或飼料原料。
3.2醋渣、糠醛渣、菌渣：這些工業廢渣經過人元生物發酵菌的作用，可實現資源的再利用，轉化為可用于農業生產的有機物料。
4其他有機廢棄物類：果渣等也可以用其人元生物發酵菌進行發酵處理，將其中的糖分、纖維素等物質分解，制成有機肥料或用于其他用途。