報關作業流程如下：
一、前置作業：
1. 與相關廠商採購單位或麵粉公會人員取得貨物進口日期及數量。
2. 與船公司或船務代理公司取得船隻進出港日期等資料。
3. 通知業者備妥報關文件及其他相關資料。
4. 聯繫裝卸公司或倉儲業者準備相關配合作業。
二、整理報關文件：
1. 取得報關資料后審核文件是否齊全。
2. 歸列其稅則號別(C.C.C.CODE)及稅率。
3. 與關稅局、檢疫局、商品標準檢驗局人員商討有關進口貨品之相關規定及限制。
4. 告知業者繳納關稅、裝卸費等明細。
三、通關：
1. 使用電腦網路(E.D.I)鍵入資料與關稅局連線，利用電腦作業由關稅局回覆通關作業情形之訊息，直至放行提貨。
2. 會同農委會動植物檢疫局及商品標準檢驗局人員，至船艙內檢視貨品并取樣檢驗，依國家檢驗標準(CNS)或其他相關規定，取得檢疫、檢驗合格證書，貨品方可通關放行。
全聯報關公司擁有鐵路承攬公司證照，及公路運輸公司牌照，足以充分配合業者運送貨物所需。
其放行提貨流程如下：
1、碼頭現場工作人員將放行資料送達裝卸或倉儲公司，研討出倉事宜。
2、聯繫業者出倉時間、車輛(火車或卡車)及數量，隨時與業者收貨人員充分溝通，聯繫掌握碼頭出倉及業者貨物進廠情形，以達到貨暢其流為宜。
3、提供業者關稅局、港務局、標準檢驗局、碼頭裝卸及其他進出口貨物相關資訊。
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